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虽然香港公司转让内地公司股权不需要在香港征利得税,但不代表内地不征所得税。根据《中华人民共和国企业所得税法》(下称"《企业所得税法》")第三条第三款的规定,非居民企业在中国境内未设立机构、场所的,或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的,应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。因此,该香港公司(也就是非居民企业)转让其持有的境内公司的股权是要缴税的。
根据《国家税务总局关于印发<非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法>的通知》(国税发【2009】3号)(下称"3号文")第三条的规定,对非居民企业取得来源于中国境内的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得应当缴纳的企业所得税,实行源泉扣缴,以依照有关法律规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。扣缴义务人与非居民企业首次签订与本办法第三条规定的所得有关的业务合同或协议(以下简称合同)的,扣缴义务人应当自合同签订之日起30日内,向其主管税务机关申报办理扣缴税款登记。