1. 长亏不倒：香港是针对利润征税，账做平或者做亏就没有利润，也就不交税，报税零申报；一般来说，税务局对连年亏损的公司都会较为谨慎
2. 关联交易：税务局在审核纳税人的报税表时，必然会复核其关联交易是否符合商业现实原则。比如咨询服务类费用金额很大，支付给公司关联人员或其他关联公司，那就很容易引起怀疑
3. 不稳定的毛利率或纯利率：税务局每年均会就所收到的报税资料整理成各个行业的毛利率、纯利率表示其他财务数据库，作分析及比较之用。一家公司的毛利率或纯利率如较税务局的内部数据大幅偏低，定然会引起税务局的注意。但有时候一家公司的毛利率或纯利率无故忽高忽低，亦会惹来税务局的怀疑，质疑公司的入账方式是否每年一致、账目是否真确、有否藉不同的入账方式以操纵其利润等。
4. 营业额、利润情况与行业现状不符：在复核损益帐时，税务局会根据内部信息评估纳税人的行业前景，从而估量纳税人所申报的利润额是否合理。如税务局认为公司从事的行业日益蓬勃，但公司的营业额却连续暴跌，便会怀疑公司是否将部份利润转移或漏报，引发税务局向该公司展开调查，更甚者，税务局的调查对象将蔓延至其他关联公司，以了解整个集团的利润分配。
5. 海外顾问费/佣金：很多时候，有关顾问服务都在香港以外地区提供，而这些海外收款人大多无须缴纳香港税款，因此无论这些费用是否支付予关联公司，税务局都必然会加倍注意香港公司在账目内所申索扣除的费用是否真确、合理及符合商业原则。
6. 公司持有的固定资产：固定资产一般是公司所拥有的物业、机器、车辆及在子公司或关联公司的投资等。如税务局发现公司在短期内大规模添置资产或向关联公司作出大额注资，而公司在过往年度所申报的利润水平或向第三者的借贷并不足以支付其所投入的资金，而投资金额主要是来自董事或股东往来帐的贷方金额的提高，除非董事或股东的投金来源有明显合理出处，税务局便有可能怀疑董事或股东隐瞒了其他收入来源，或该公司短报其收入。
7. 公司流动资产及董事、股东往来帐：流动资产包括公司的存货、现金及银行存款等。一般而言，如公司的销售额或购货水平每年相若，公司的存货量应不会有大幅度的变动。在销售额无甚提升的情况下，如存货量连年增加，加上公司的现金或银行存款水平及董事往来帐的贷方金额突然提高，税务局便会质疑纳税人是否已将存货出售，但却没有将有关销售额计入销售帐。反过来说，存货量无故骤降亦会令税务局怀疑纳税人有否透过利用减低存货成本的入账方式来提高销货成本，从而减低公司的利润。