内地与香港有签署《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》，该协定旨在避免在同一项所得上的双重征税，并防止在中国内地和香港之间的所得转移和税务逃避。

香港公司与内地公司的服务合同，具体要区分技术服务及特许权使用。香港公司在提供服务过程中使用了某些专门知识和技术，但并不转让或许可这些技术，则此类服务属于技术服务范围。但如果香港公司提供服务形成的成果属于税收协定特许权使用费定义范围，并且香港公司仍保有该项成果的所有权，内地公司对此成果仅有使用权，则此类服务产生的所得，适用税收协定下特许权使用费的规定。

对外支付服务费（判定为境外服务的）

根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，除财政部和国家税务总局另有规定外，境外单位或者个人在境内发生应税行为，在境内未设有经营机构的，以购买方为增值税扣缴义务人，不征缴所得税。

根据实操经验，内地公司需在当地税局为香港公司代扣代缴增值税及其他附加税，税种包括：增值税、教育费附加、地方教育附加、城市维护建设费等。

另外，依据国家税务局及国家外管局公告2013年第40号第一条，境内机构和个人向境外单笔支付等值5万美元以上（不含5万）汇出资金的，还需在当地备案。

完成对外支付后，香港公司需要按照本地收入确认销售收入，缴付香港利得税等。

对外支付服务费（判定为境内服务）

如果对于合同内容约定不合理，例如：服务的发生地、服务时间及服务内容合理性等，服务项目将会被税局判定为境内劳务服务，需按照内地增值税及所得税率进行扣缴。

对外支付特许权使用费（非常设机构）

根据《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》规定，如果香港公司在内地不符合“常设机构”判定的，内地公司为香港公司代扣代缴所得税率为7%。

完成对外支付后，香港公司需要按照本地收入确认销售收入，缴付香港利得税等。

对外支付特许权使用费（判定为常设机构）

按照《企业所得税法》规定，非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税，所得税税率为25%。

因此，香港公司收取境内公司支付费用的时候首先需要提前做好整体费用结构及费用规划，保障费用占比的合理性和合规性。

其次，还需对于服务合同内容进行约定，尤其是一些税局审核的关键点和敏感点，例如：服务地点和内容匹配合理以及构成“常设机构"等内容，一定要依据服务发生的实际情况进行拟定。

最后，每年还需持续关注国家财政局及税务总局对于对外技术服务费及特许权使用费的相关更新政策，以便后续签订服务合同的及时调整及合规。