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根据新政策，税务部门不再按外国企业（包括港澳台企业）的经营性质分别规定不同的征税方式，而是根据外国企业（包括港澳台企业）代表处的财务核算水平规定不同的征税方法。
过去，对于代表机构的征税方法采取的是按不同经营性质分别规定不同的征税方法。即对从事商务、法律、税务、会计、审计等各类咨询服务性的代表机构，要求必须建立健全会计账簿，正确计算收入和应纳税所得额，据实申报纳税；对从事各项代理、贸易等各类服务性代表机构，统一采取按经费支出换算收入的办法确定收入，并据以征税；对除上述两类以外从事应税业务的代表机构，要求其根据从事经营活动实际取得的业务收入按期向当地主管税务机关申报纳税；凡当年度内没有取得业务收入的，要求其在年度终了后的1个月内，申报年度经营情况。
新政策改变了上述规定，明确税务部门应根据代表机构的财务核算水平采取不同的征税方法。即要求所有代表机构都应当力争做到财务核算健全，准确核算收入和所得，据实进行纳税申报；对于对账簿不健全，不能准确核算收入或成本费用据实申报的代表机构，税务机关有权按经费支出换算收入的方式或按收入总额核定应纳税所得额的方式，并据以征税。无论实行的是按经费支出换算收入还是按收入总额核定应纳税所得额方式，其中的核定利润率应不低于15%，而以前是10%。具体来说，从事承包工程作业、设计和咨询劳务的核定利润率为15%~30%，从事管理服务的核定利润率为30%~50%，从事其他劳务或劳务以外经营活动的核定利润率不低于15%。
采取核定征收方式的代表机构，如能建立健全会计账簿，准确计算其应税收入和应纳税所得额，报主管税务机关备案，可申请调整为据实申报方式。由于核定的利润率提高，新政策会对部分代表机构的税负产生一定影响。对代表机构而言，如果实际利润水平与核定利润率差距较大，可以考虑建立健全会计核算，争取实行据实征收；如果还有差距，则可以考虑将代表处转型升级为外商投资企业。
特别需要指出的是，鉴于外企代表处与其境外总公司之间存在关联关系，代表机构无论是财务核算健全实行据实申报的，还是财务核算不健全实行按经费支出换算收入或按收入总额核定应纳税所得额方式申报的，均应严格执行独立交易原则，根据代表机构实际履行的功能和承担的风险准确核算应归属于自身的收入、成本、费用、经费支出额以及应纳税所得额。否则，税务机关将有权根据相关规定进行特别纳税调整。
外企代表处免税管理更加严格
新政策明确废止了过去一些文件中关于代表机构免税或不予征税的规定，并规定各地税务机关不再受理审批代表处企业所得税 免税申请，还要求对过去已核准免税的代表处进行清理。也就是对于国税发〔2010〕18号文件发布之前已经核准免税的代表处，应该重新评估其是否仍然符合税收协定中规定的免税条件。如果符合，则应尽早到税务机关递交免税申请。否则，代表处需按照实际利润据实申报或者按照核定征收办法申报缴纳企业所得税。
这并不表明新政策取消了所有外企代表处的免税待遇，而是进一步规范了代表处的减免税管理。因为新政策还明确规定，代表处需要享受税收协定待遇的，应依照相关税收协定进行办理，在发生纳税义务之前或者申报相关纳税义务时，按有关规定向主管税务机关备案。
过去，对于代表机构的征税方法采取的是按不同经营性质分别规定不同的征税方法。即对从事商务、法律、税务、会计、审计等各类咨询服务性的代表机构，要求必须建立健全会计账簿，正确计算收入和应纳税所得额，据实申报纳税；对从事各项代理、贸易等各类服务性代表机构，统一采取按经费支出换算收入的办法确定收入，并据以征税；对除上述两类以外从事应税业务的代表机构，要求其根据从事经营活动实际取得的业务收入按期向当地主管税务机关申报纳税；凡当年度内没有取得业务收入的，要求其在年度终了后的1个月内，申报年度经营情况。
新政策改变了上述规定，明确税务部门应根据代表机构的财务核算水平采取不同的征税方法。即要求所有代表机构都应当力争做到财务核算健全，准确核算收入和所得，据实进行纳税申报；对于对账簿不健全，不能准确核算收入或成本费用据实申报的代表机构，税务机关有权按经费支出换算收入的方式或按收入总额核定应纳税所得额的方式，并据以征税。无论实行的是按经费支出换算收入还是按收入总额核定应纳税所得额方式，其中的核定利润率应不低于15%，而以前是10%。具体来说，从事承包工程作业、设计和咨询劳务的核定利润率为15%~30%，从事管理服务的核定利润率为30%~50%，从事其他劳务或劳务以外经营活动的核定利润率不低于15%。
采取核定征收方式的代表机构，如能建立健全会计账簿，准确计算其应税收入和应纳税所得额，报主管税务机关备案，可申请调整为据实申报方式。由于核定的利润率提高，新政策会对部分代表机构的税负产生一定影响。对代表机构而言，如果实际利润水平与核定利润率差距较大，可以考虑建立健全会计核算，争取实行据实征收；如果还有差距，则可以考虑将代表处转型升级为外商投资企业。
特别需要指出的是，鉴于外企代表处与其境外总公司之间存在关联关系，代表机构无论是财务核算健全实行据实申报的，还是财务核算不健全实行按经费支出换算收入或按收入总额核定应纳税所得额方式申报的，均应严格执行独立交易原则，根据代表机构实际履行的功能和承担的风险准确核算应归属于自身的收入、成本、费用、经费支出额以及应纳税所得额。否则，税务机关将有权根据相关规定进行特别纳税调整。
外企代表处免税管理更加严格
新政策明确废止了过去一些文件中关于代表机构免税或不予征税的规定，并规定各地税务机关不再受理审批代表处企业所得税 免税申请，还要求对过去已核准免税的代表处进行清理。也就是对于国税发〔2010〕18号文件发布之前已经核准免税的代表处，应该重新评估其是否仍然符合税收协定中规定的免税条件。如果符合，则应尽早到税务机关递交免税申请。否则，代表处需按照实际利润据实申报或者按照核定征收办法申报缴纳企业所得税。
这并不表明新政策取消了所有外企代表处的免税待遇，而是进一步规范了代表处的减免税管理。因为新政策还明确规定，代表处需要享受税收协定待遇的，应依照相关税收协定进行办理，在发生纳税义务之前或者申报相关纳税义务时，按有关规定向主管税务机关备案。
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在中国境内的外国企业（包括港澳台企业）及其他组织的常驻代表机构（以下简称代表机构）应当按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账薄，根据合法、有效凭证记账，进行核算，并应按照实际履行的功能和承担的风险相配比的原则，准确计算其应税收入和应纳税所得额，在季度终了之日起15日内向主管税务机关据实申报缴纳企业所得税、营业税，并按照《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则规定的纳税期限，向主管税务机关据实申报缴纳增值税。
对账簿不健全，不能准确核算收入或成本费用，以及无法按照本办法第六条规定据实申报的代表机构，税务机关有权采取以下两种方式核定其应纳税所得额：
按经费支出换算收入：适用于能够准确反映经费支出但不能准确反映收入或成本费用的代表机构。
1.计算公式：
收入额=本期经费支出额/（1—核定利润率—营业税税率）；
应纳企业所得税额=收入额×核定利润率×企业所得税税率。
2.代表机构的经费支出额包括：在中国境内、外支付给工作人员的工资薪金、奖金、津贴、福利费、物品采购费（包括汽车、办公设备等固定资产）、通讯费、差旅费、房租、设备租赁费、交通费、交际费、其他费用等。
（1）购置固定资产所发生的支出，以及代表机构设立时或者搬迁等原因所发生的装修费支出，应在发生时一次性作为经费支出额换算收入计税。
（2）利息收入不得冲抵经费支出额；发生的交际应酬费，以实际发生数额计入经费支出额。
（3）以货币形式用于我国境内的公益、救济性质的捐赠、滞纳金、罚款，以及为其总机构垫付的不属于其自身业务活动所发生的费用，不应作为代表机构的经费支出额；
（4）其他费用包括：为总机构从中国境内购买样品所支付的样品费和运输费用；国外样品运往中国发生的中国境内的仓储费用、报关费用；总机构人员来华访问聘用翻译的费用；总机构为中国某个项目投标由代表机构支付的购买标书的费用，等等。
按收入总额核定应纳税所得额：适用于可以准确反映收入但不能准确反映成本费用的代表机构。计算公式：
应纳企业所得税额=收入总额×核定利润率×企业所得税税率。
代表机构的核定利润率不应低于15%。采取核定征收方式的代表机构，如能建立健全会计账簿，准确计算其应税收入和应纳税所得额，报主管税务机关备案，可调整为据实申报方式。
代表机构发生增值税、营业税应税行为，应按照增值税和营业税的相关法规计算缴纳应纳税款。
对账簿不健全，不能准确核算收入或成本费用，以及无法按照本办法第六条规定据实申报的代表机构，税务机关有权采取以下两种方式核定其应纳税所得额：
按经费支出换算收入：适用于能够准确反映经费支出但不能准确反映收入或成本费用的代表机构。
1.计算公式：
收入额=本期经费支出额/（1—核定利润率—营业税税率）；
应纳企业所得税额=收入额×核定利润率×企业所得税税率。
2.代表机构的经费支出额包括：在中国境内、外支付给工作人员的工资薪金、奖金、津贴、福利费、物品采购费（包括汽车、办公设备等固定资产）、通讯费、差旅费、房租、设备租赁费、交通费、交际费、其他费用等。
（1）购置固定资产所发生的支出，以及代表机构设立时或者搬迁等原因所发生的装修费支出，应在发生时一次性作为经费支出额换算收入计税。
（2）利息收入不得冲抵经费支出额；发生的交际应酬费，以实际发生数额计入经费支出额。
（3）以货币形式用于我国境内的公益、救济性质的捐赠、滞纳金、罚款，以及为其总机构垫付的不属于其自身业务活动所发生的费用，不应作为代表机构的经费支出额；
（4）其他费用包括：为总机构从中国境内购买样品所支付的样品费和运输费用；国外样品运往中国发生的中国境内的仓储费用、报关费用；总机构人员来华访问聘用翻译的费用；总机构为中国某个项目投标由代表机构支付的购买标书的费用，等等。
按收入总额核定应纳税所得额：适用于可以准确反映收入但不能准确反映成本费用的代表机构。计算公式：
应纳企业所得税额=收入总额×核定利润率×企业所得税税率。
代表机构的核定利润率不应低于15%。采取核定征收方式的代表机构，如能建立健全会计账簿，准确计算其应税收入和应纳税所得额，报主管税务机关备案，可调整为据实申报方式。
代表机构发生增值税、营业税应税行为，应按照增值税和营业税的相关法规计算缴纳应纳税款。