香港公司取得内地经营收入，需要由内地企业代缴代扣所得税。
根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定：非居民企业（如香港公司）在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。

对非居民企业取得上述所得应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。

这种情况还是挺多的，先说香港那边对香港公司怎么征税：如果是根据香港征税原则（采用地域来源原则），那么香港公司在内地经营收入可获豁免征收企业所得税（需要向税务局申请海外利得免税，怎么申请海外利得免税，请参考文章结尾）。只有在香港产生或得自香港的利润，才须予以征收利得税。

但是你在内地经营，得需要遵从内地相关规定，也就是香港不收你企业所得税（香港称利得税）不代表你在内地不需要缴纳。

那么像你香港公司在内地经营，这种情况是否缴纳企业所得税及如何缴纳，这要根据香港公司在内地提供管理劳务的实际情况进行不同的税务处理。

假设情况１：根据《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》（简称《安排》）第五条“常设机构”中的有关规定：“常设机构还包括：一方企业直接或者通过雇员或者雇佣的其他人员，在另一方为同一个项目或者相关联的项目提供的劳务，包括咨询劳务，仅以在任何12个月中连续或累计超过6个月的为限”。

也就是说，如果你香港公司雇员在内地劳务超过6个月，你香港公司所提供劳务的场所就构成在内地的常设机构，应按照《企业所得税法》第三条第二款的规定“非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税”，税率为25%。

具体征管方法按照《非居民承包工程作业和提供劳务税收管理暂行办法》的规定执行，办理税务登记手续并进行纳税申报，由香港公司自行申报或税务机关指定贵公司作为扣缴义务人均可。同时，该企业所得税由国家税务局负责征收管理。

假设情况２：如果你所经营的香港公司在内地提供劳务的时间不足6个月，可以享受《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》的不予征税优惠待遇的，应按《国家税务总局关于印发〈非居民享受税收协定待遇管理办法（试行）〉的通知》第十一条规定，由纳税人或扣缴义务人向所在地主管国税机关提交有关资料进行备案，方可享受协定待遇。

@gzzong ：根据《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》（简称《安排》）第五条“常设机构”中的有关规定：“常设机构还包括：一方企业直接或者通过雇员或者雇佣的其他人员，在另一方为同一个项目或者相关联的项目提供的劳务，包括咨询劳务，仅以在任何12个月中连续或累计超过6个月的为限”。

这么说在香港注册的公司可以在内地开展业务，只是可能需要跟内地企业一样，缴纳25%的企业所得税？很多文章又说香港公司不可以在内地开展业务，这与你这个说法相悖啊。

如果香港公司不是跟内地公司交易，而是做出口业务，客户都是国外的，税率也是25%？

这个不用想，肯定是要交的，不可能你香港公司在内地离岸操作，内地不用交税，到了香港报税时你又可以申请离岸免税，哪有这么好的事。

记得以前看过19号文规定，非居民企业在中国境内发生营业税或增值税应税行为，在境内设立经营机构的，应自行申报营业税或增值税，但未对“经营机构”做出定义。我觉得在实际操作中，“经营机构”等同于所得税法中的“机构、场所”概念。

香港企业在境内取得收入由内地公司代缴代扣所得税

香港公司作为非居民企业从境内取得收入一般由支付人履行代扣代缴。