日本公司注册时，株式会社和合同会社是两种主要的公司类型，它们在法律结构、注册资本、股东责任、以及未来发展前景上存在一些关键区别：

法律结构与责任承担：

株式会社：类似于国内的股份有限公司，资本分成等额股份，通过发行股票筹集资金。股东以其所持股份为限对公司承担责任，公司以其全部资产对公司债务承担责任。这表示所有权与管理权可以分离，适合大型企业或有股权融资需求的公司。

合同会社：类似于国内的有限责任公司，由全体股东共同出资设立，每个股东以其出资额为限对公司承担责任。公司以其全部资产对公司债务承担责任。这表示所有权与管理权通常相同，适合小型或个体化的创业公司。

注册资本与申请流程：

株式会社：注册费用较高，申请周期较长，需要有公司章程。虽然注册地址必须是实际办公地点，但公司名称可以包含中、日、英文，并且资本金至少为500万日元，如果不满1000万日元，前两年可免消费税。注册步骤包括确认地址、名称、经营范围、注册资本、股东和董事名单，准备资料，验资，提交申请等。

合同会社：注册费用较低，操作简单，没有公司章程，适合追求低成本的创业。注册资本可以是任意金额，包括1日元，但通常需要一名日本长期居住的董事。注册时不需要提交事务所租借契约书，可以使用住宅作为注册地址，但需物业同意。

未来发展与社会信用：

株式会社：更适合未来有在日本扩大业务、引入新股东或上市计划的公司，因其股权结构更灵活，便于资本运作和融资。

合同会社：虽然适合初期创业者和海外人士，但社会信用度相对较低，可能在与当地公司合作时遇到信任问题。不过，对于简单的业务或个人持有，它是成本效益较高的选择。

注册后的运营：

株式会社：享有更高的社会信用，便于拓展业务和谈判合作伙伴，适合长期发展的公司。

合同会社：运营成本低，适合不需要高度社会信用且业务相对简单的公司，但长期发展可能受限于没有明确的公司章程和合伙制的限制。

综上所述，选择株式会社还是合同会社取决于公司的长期目标、资金需求、以及对社会信用的考虑。