与香港公司交易时，能否减免公司国内增值税，主要取决于具体的交易性质、合同条款以及相关的税收法规和政策。以下是一些关键点和考虑因素：

一、增值税减免的基本原则
跨境交易处理：增值税的减免通常与跨境交易的性质和地点有关。如果交易涉及跨境服务或货物，需要根据国家税务总局及海关总署的相关规定来判断增值税的征收情况。

税收协定：中国与香港特别行政区签订了避免双重征税的协定，这在一定程度上可以影响增值税的征收。然而，需要注意的是，这些协定主要关注的是所得税的减免，而非直接针对增值税。

二、具体情境分析
服务交易：

如果内地公司向香港公司提供服务，并且符合特定的跨境服务免税政策（如跨境应税服务免征增值税政策），那么内地公司可能无需就这部分服务收入缴纳增值税。但需要注意的是，享受免税政策通常需要满足一定的条件和程序，如备案等。
反之，如果香港公司向内地公司提供服务，且服务完全在境外提供，则根据现行规定，这部分服务收入通常不在内地缴纳增值税。但内地公司在支付服务费用时，可能需要代扣代缴增值税（如果服务属于增值税应税范围）。
货物交易：

对于货物交易，增值税的减免主要取决于货物的进口环节。根据内地与香港的双边税收协定和海关规定，部分进口货物可能享受增值税减免政策。然而，这通常涉及特定的货物种类和进口条件。
在一般的货物交易中，如果香港公司向内地公司销售货物，内地公司需要按照正常的进口程序缴纳增值税。但如果双方通过特定的贸易安排或政策优惠（如自由贸易协定下的关税减免），可能可以减少或免除部分增值税。
三、合规建议
了解政策：在进行跨境交易前，企业应详细了解相关的税收法规和政策，特别是跨境交易增值税的处理规定。

咨询专家：由于跨境交易涉及复杂的税收问题，企业应考虑咨询专业的税务顾问或会计师，以确保合规并优化税务成本。

合同设计：在签订跨境交易合同时，企业应合理设计合同条款，明确双方的税收责任和义务，以减少潜在的税务风险和争议。

综上所述，与香港公司交易时能否减免公司国内增值税取决于具体的交易性质和政策规定。企业应密切关注相关政策的更新和变化，并采取适当的合规措施以确保交易的顺利进行。